Walaupun mangkuk pijar grafit mempunyai ciri-ciri seperti ketumpatan pukal yang tinggi, rintangan suhu tinggi, pemindahan haba yang cepat, rintangan kepada kakisan asid dan alkali, kekuatan tinggi pada suhu tinggi, dan rintangan pengoksidaan yang sangat baik, membersihkannya selepas digunakan boleh menyusahkan, terutamanya apabila memproses bahan mentah tertentu.
Langkah pertama dalam membersihkan bekas grafit ialah membuang bahan kimia di dalamnya, diikuti dengan pembersihan. Kaedah pembersihan bergantung kepada jenis sisa yang tinggal di dalam mangkuk pijar. Secara amnya, endapan pada mangkuk pijar grafit adalah sisa pembakaran tak organik, yang boleh dibersihkan dengan asid hidroklorik, kerana kebanyakannya larut. Walau bagaimanapun, beberapa sisa yang mengandungi komponen karbon tidak larut dalam asid hidroklorik. Dalam kes sedemikian, asid nitrik boleh digunakan untuk pembersihan, kerana ia mempunyai sifat pengoksidaan yang kuat. Pemanasan juga boleh digunakan semasa proses pembersihan.
Bagi bahan yang masih sukar dibersihkan, ia boleh direbus dalam asid hidroklorik cair atau asid nitrik cair. Ambil perhatian bahawa asid hidroklorik yang digunakan tidak boleh mengandungi agen pengoksida seperti asid nitrik, nitrat atau halogen. Jika asid nitrik cair masih tidak mencukupi untuk pembersihan, maka kalium pirosulfat cair, natrium karbonat, atau boraks boleh digunakan untuk pembersihan.
Pisau grafit perlu sentiasa bersih, dengan kedua-dua permukaan dalam dan luar cerah dan berkilat. Selepas pemanasan yang berpanjangan, permukaan luar mangkuk pijar mungkin menjadi kusam, dan lama kelamaan, kekusaman ini akan menembusi bahagian dalam, menyebabkan pijar menjadi rapuh dan retak. Oleh itu, sebarang bahan najis mesti dibuang. Jika masih ada kesan atau permukaannya kusam, gosok perlahan-lahan permukaan dengan pasir halus yang telah melalui ayak 100 mesh dan tidak mempunyai tepi yang tajam, menggunakan air sebagai pelincir, untuk memulihkan kilauan permukaan.